La NECTON Marine Research Society collabora o ha collaborato a diversi progetti di ricerca con: Fondo Siciliano per la Natura, Banca dati italiana squalo bianco, l’Istituto AQUASTUDIO di Messina, WWF Sicilia,Associazione Ittiologica Italiana, Associazione Pescatori dello Stretto, Università di Messina, Società Alimentaria Sicilia, Società di ricerca Biotecno, Cooperativa Gente di Mare, Cooperativa Fenice, Cesvit, Associazione Asterisco. Fa parte del Gruppo Mediterraneo di Ricerca sugli Squali, del Consorzio Siciliano Pesca, aderisce ad AGCI Agrital (relativamente al settore della ricerca) ed è partner della Fondazione Horcynus Orca all’interno della quale si occupa dello studio dei cetacei. Nell'ambito di alcuni progetti di divulgazione e/o di ricerca denominati: Marine Mammals Workshop, Studio dei Cetacei dello Stretto di Messina ed Eolian Cetacean Project, Aziende, Enti Pubblici e privati come: l'Acquario di Genova, la Provincia Regionale di Agrigento,il Fondo Siciliano per La Natura, il Centro Recupero Tartarughe di Lampedusa, la rivista Mondo Sommerso, la Slam, la Swarovski optik, l’Agci Agrital, la Geonav, Marevivo, l’ Area Marina Protetta Is. Pelagie, il progetto Menkab, l’Associazione Mediterranea per la Natura, Colori del Sole,Gommorizzo, la Provincia Regionale di Messina e il Comune di Malfa, sono stati , sono tuttora partner , hanno offerto o stanno offrendo il loro patrocinio.
Di recente ha stipulato le convenzioni con l'Università di Messina e l'Università di Pisa.